Dalam keluarga besar NU, Cak Imin sendiri merupakan cucu dari KH Bisri Syansuri, yakni tokoh pendiri awal Nahdlatul Ulama.
Kemudian pada Maret 2008, ramai dikabarkan adanya upaya Muhaimin Iskandar untuk melengserkan Gus Dur dari posisi Ketua Dewan Syura PKB melalui Muktamar Luar Biasa, MLB.
Kewenangan Dewan Syuro dan Dewan Tanfidz dianggap oleh pihak Muhaimin Iskandar kerap dimultitafsirkan sehingga muncullah konflik internal, dan MLB pihaknya dilangsungkan pada 2-4 Mei 2008, di Hotel Mercure Ancol, Jakarta.
Dalam waktu yang berdekatan, pihak Gus Dur juga menggelar MLB di Parung Bogor, dimana Ketua Panitia MLB kubu Muhaimin Iskandar, Lukman Edy, saat itu menyebutkan bahwa MLB akan mengamandemen AD/ART terkait fungsi Dewan Syuro.
Melansir Pikiran Rakyat dalam konferensi pers di Jakarta, Senin 24 Januari 2008 silam, beberapa pasal yang akan diamandemen di AD/ART terkait fungsi dari Dewan Syuro dan Dewan Tanfidz.
"Kemudian karena sekarang sering ditafsirkan salah sehingga memunculkan konflik," ujarnya dalam konferensi pers tersebut.
Dalam MLB tersebut juga diubah mengenai pasal-pasal terkait kewenangan cabang dan wilayah, dimana hal itu dimaksudkan guna mengurangi sentralisasi kebijakan partai di DPP.
MLB tersebut juga menghadirkan tokoh-tokoh pembesar PKB yang dalam tanda kutip terbuang oleh kepentingan pribadi pihak Yenny Wahid.