Namun, karir Muchdi berjalan singkat. Pasalnya, ia terseret kasus penculikan 13 aktivis mahasiswa di tahun 1997 hingga 1998.
Akibatnya, Muchdi diberhentikan dari jabatan Danjen Kopassus.
Selanjutnya, ia dimutasi ke Perwira Tinggi (Pati) Mabes TNI pada 1999 hingga 2001.
Pada era pemerintahan Megawati, Muchdi diangkat menjadi Deputi V BIN mendampingi A.M Hendropriyono.
Jabatan itu diembannya selama 4 tahun dari 2001 hingga 2005.
Meski tak sekuat dulu, Muchdi PR kini dipercaya menjadi Ketua Umum Partai Berkarya. Sayangnya, partai bentukan Tommy Soeharto ini gagal melenggang ke Senayan karena suaranya tak mencukupi pada Pemilu 2019 lalu. ***