Perguruan tinggi yang sebelumnya bernama STAIN Ponorogo ini memiliki 4 fakultas.
Yakni Fakultas Syariah, Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan; Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Dakwah; serta Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam.
Selain itu IAIN Ponorogo juga memiliki 1 buah Program Pascasarjana yang menyediakan 5 program prodi magister.
Yakni Prodi Ekonomi Syariah, Prodi Manajemen Pendidikan Islam, Prodi Awal Shakshiyah, Prodi Pendidikan Bahasa Arab, dan Prodi Agama Islam.
2. Universitas PGRI Madiun (UNIPMA)
Unipma merupakan salah satu perguruan tinggi paling populer di eks Karesidenan Madiun, terkhusus di bidang keguruan.
Menurut data Webometrics, Perguruan Tinggi yang sebelumnya bernama IKIP PGRI Madiun ini menduduki peringkat 98 perguruan tinggi terbaik di Indonesia.
Seiring dengan statusnya yang berubah dari IKIP ke dalam bentuk universitas, UNIPMA telah mempunyai jurusan non keguruan seperti farmasi dan hukum.
3. Universitas Muhammadiyah Ponorogo (UMPO)
UMPO adalah Perguruan Tinggi Muhammadiyah terbesar di eks Karesidenan Madiun.